Валютный контроль при заключении договора с нерезидентом

Добрый день!
Организация заключила договор с нерезидентом на сумму свыше 50 000 у.е., оплата поступила в рассрочку в 2013 во всех платежах указан код валютной операции. Паспорт сделки оформить забыли. Оформляем документы только сейчас. подскажите информацию по штрафам и как и когда их выставляют на практике. Как посчитать сумму штрафа я нашла, но вот каким образом и когда и кто его выставляет - нет.
Все спасибо за ответы.